正享受短暫假期的公安九課少校草薙素子（坂本真綾 配音）突然接到巴特（松田健一郎 配音）的報(bào)告西之內(nèi)某處大廈遭受恐怖分子襲擊政府高官和商業(yè)巨擎被人殺害在草薙的指揮下九課的石川、波瑪、帕茲、巴特等人通力合作將恐怖分子徹底制服但草薙在行動(dòng)中意外受到神秘病毒感染在西之內(nèi)恐怖襲擊的同時(shí)遠(yuǎn)郊的水壩發(fā)生爆炸案新濱縣刑警陀古薩（新垣樽助 配音）傳喚水壩管理企業(yè)負(fù)責(zé)人沙特博士對(duì)方是來(lái)自飽經(jīng)戰(zhàn)火的卡森共和國(guó)的卡爾迪斯人受警方高層施壓陀古薩沒有得到任何有用信息另一方面草薙一方得知恐怖分子的真實(shí)身份正是卡爾迪斯的游擊隊(duì)組織兩起案件意外聯(lián)系在一起其背后隱藏怎樣的真相　　本片根據(jù)士郎正宗的原作改編為攻殼機(jī)動(dòng)隊(duì)前傳“ARISE”的第三部